2012年以来，学校实施科教协同育人行动计划，先后与中国科学院12个研究院（所、中心）签署了战略合作协议，设立了11个本科人才培养“菁英班”，实现了师资、科研和实验条件的资源共享和优势互补。“菁英班”同学在学术竞赛、科学研究、社会实践中屡创佳绩，国内外知名高校升学深造率达85%以上，就业去向多为华为、百度、腾讯等知名企业，毕业生普遍具备良好的科学素养和较强的科技创新能力，得到了就业单位的一致好评。相关实验班如下。
序号 |
学院
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中科院
（院、所、中心）
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班级名称
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1
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数学学院
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数学研究院
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华罗庚班
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2
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物理学院
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物理研究所
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严济慈班
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3
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半导体研究所
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黄昆班
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4 |
高能物理研究、理论物理研究所 |
王淦昌班
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5 |
生命科学学院
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生物化学所
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王应睐班
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6 |
微生物研究所
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戴芳澜班
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7 |
环境科学与工程学院
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生态环境研究中心
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环境与健康菁英班
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8 |
计算机科学与技术学院 |
计算技术研究所
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计算机菁英班
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9 |
空间科学与物理学院
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中国科学院国家天文台 |
天文与空间科学菁英班 |
10 |
信息科学与工程学院
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上海光学精密机械研究所
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尚光英才班
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11 |
上海技术物理研究所
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技术物理英才班
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